Neben den bereits genannten grundsätzlichen Nachteilen des Franchisings, ergeben sich spezielle für Existenzgründer.

Die unterschiedlichen Systeme sollen differenziert betrachtet werden. Wichtig ist hierbei, dass es oft einen Zusammenhang zwischen der Eintrittsgebühr bzw. Vertragslaufzeit, sowie der Insolvenzrate gibt. Je länger die Laufzeit ist und je höher die Eintrittsgebühr, desto größer die Überlebensrate.

Die Eintrittsgebühren sind häufig sehr hoch, so dass die Gründungsfinanzierung schnell zum unüberwindbaren Problem wird.
Franchisenehmer können das System nicht weiterentwickeln, sie sind vom Franchisegeber abhängig.

Ein weiteres Problem, auf das später noch näher eingegangen wird, könnte die nicht vollständige Selbstständigkeit angeführt werden. Durch die Systemabhängigkeit des Franchisenehmers und die Kontrollen und Weisungen des Franchisegebers ist der Existenzgründer in seiner Entscheidungsfreiheit mehr oder weniger eingeschränkt.
Der Franchisenehmer kann die Marke nicht nach belieben verändern, auch wenn es aufgrund von regionalen Gegebenheiten notwendig wäre. Er muss sich an Rahmenbedingungen halten.