Die Behauptung, das Franchisesystem sei eine risikolose Form der Selbstständigkeit, missachtet mehrere Aspekte des Systems und negative Fälle der Realität. Schwarze Schafe und die sogenannte Scheinselbstständigkeit sind Probleme, die im Folgenden behandelt werden.

Scheinselbstständigkeit bedeutet, dass der Franchisenehmer nicht rechtlich selbstständig ist. Dies hat zur Folge, dass der Franchisegeber Teile der Sozialversicherung des Franchisenehmers mitbezahlen muss. Der Franchisenehmer arbeitet nicht auf eigene Rechnung und ist somit nur ein Angestellter der Systemzentrale.
Manche Quellen behaupten sogar, dass das Risiko durch die relative Abhängigkeit des Franchisenehmers noch steigt. Folgende Formel soll diesen Sachverhalt näher verdeutlichen:
Risiko(Konzept)+Risiko(Unternehmer)+Risiko(Franchisegeber)=Gesamtrisiko des Franchisepartners

Schwarze Schafe gibt es immer wieder und bringen die Branche in Verruf. Beispiele zeigen diese Gefahr, z.B. hat das Unternehmen "Wiener Wald" Insolvenz beantragt. Der Franchisegeber hatte eine „aggressive Expansionsstrategie ohne entsprechende finanzieller Ausstattung betrieben“, wie in einem Artikel des Franchiseportals zu lesen war. Die 60 Franchisenehmer bangen jetzt um Ihre Zukunft.